آیت الله هاشمی شاهرودی در روزهای نخست تصدی مسئولیت قوه قضاییه این قوه را "ویرانه" ای خواند که باید بازسازی شود؛ اما در مدت زمامداری ایشان برخی عملکردها ، موضعگیری ها و احکام صادره از سوی این نهاد چنان غیرمتعارف بوده است که  بسیاری ازکارشناسان و دلسوزان معتقدند نه تنها اصلاح چشمگیر و قابل دفاعی در این "ویرانه" به چشم نمی خورد؛ بلکه با کمال تاسف در مواردی با شتاب بیش تری در مسیر ناصواب به پیش می رود.  بررسی عملکرد این نهاد دررابطه با مفسدان دانه درشت اقتصادی به رغم تاکیدات فراوان مقام معظم رهبری، پرونده های کلان زمین خواری، متهمان به جاسوسی به ویژه آقای موسویان، و ...به خوبی بر این ادعا مهر تایید می زند که متاسفانه  عملکرد قوه قضاییه دست کم در موارد قابل توجهی درشان نظام جمهوری اسلامی ایران نیست.
 در آخرین مورد از احکام غیرقابل دفاع این نهاد عالی قضایی پس از پرونده آقای موسویان و نیز زمین خواری گسترده سیرجان، می توان به حکم تاسف آور دادگاه در محکومیت رئیس بسیجی دانشگاه یزد اشاره کرد. ماجرا از این قرار است که در سال 73 بسیجیان شهرستان تفت یکی از استادان دانشگاه یزد را به اتهام مسائل غیراخلاقی بازداشت می کنند و وی پس از محاکمه با حکم رئیس وقت دادگستری این شهرستان به 50 ضربه شلاق  محکوم می شود!  در ادامه هم هیات انتظامی دانشگاه یزد با صدور حکمی قاطع  رای به اخراج این استاد خلافکار از دانشگاه می دهد. اما جالب اینجااست که  دیوان عدالت اداری  به جای دفاع از متدینان و هیات انتظامی دانشگاه به دفاع از استاد فاسد برمی خیزد و به بازگشت این فرد به دانشگاه رای می دهد! متعاقب صدور این حکم، اساتید و دانشجویان غیرتمند دانشگاه یزد به اعتراضی گسترده دست می زنند و تحصنی باشکوه را در مسجد این دانشگاه شکل می دهند. به دنبال موج اعتراضات دانشجویی ، دکتر میبدی- رییس بسیجی دانشگاه یزد – نیز مانع  بازگشت استاد متخلف به دانشگاه می شود و این تصمیم عقلانی، از سوی وزیرمحترم علوم هم مورد تأیید قرار می گیرد.
شرم آور این جا است که در پی شکایت استاد اخراجی ، دادگاه جزایی استان  رای به محکومیت  رییس دانشگاه یزد می دهد و در اوج بهت و ناباوری مردم و  خانواده های شهدا، این مرد خدوم و انقلابی را به انفصال از خدمات دولتی- به مدت یکسال – می کند!!
 البته صدور اینگونه احکام تاسف آور از نهادی که  عده فراوانی از مدیرانش به روشنفکرنمایی مبتلا شده اند چندان عجیب نیست و لا جرم گستاخی روزافزون هتاکان و دست اندازان به ناموس و شرف جامعه نیز نباید شگفت آور باشد. هنگامی که دستگاه قضایی به جای برخورد قاطع با سارقان اخلاق و عفت جامعه، - اگر چه به اشتباه - به نیروهای خودی می تازد و به جای حمایت از مدافعان حیا و ناموس جامعه و دانشگاه آنان را محکوم می کند نباید انتظار کاهش جرم و جنایت های ناموسی و اخلاقی داشت.
 متاسفانه استان دارالعباده یزد که مردمانش به پارسایی و دین باوری شهره اند و حجاب و عفت بانوانش مایه افتخار هر ایرانی مسلمان و باغیرتی است در اثر کوته بینی برخی مسئولان و سهل انگاری های آنان روزهای سختی را تجربه می کند. روزهایی که عده ای خودباخته آزادانه و بی هیچ دغدغه ای در محیط شهر و دانشگاه گرد بی عفتی و بی حیایی می پراکنند و در این راه شرم آور هراسی هم به دل راه نمی دهند ؛ چرا که دیده اند به جای متهم شاکی را محکوم می کنند و متهم آزادانه به اعمال خود ادامه می دهد و... . مسئولان قضایی باید بدانند که مردم شریف استان یزد هیچ گاه سهل انگاری های  فراوان آنان در پاسداشت  فضای مذهبی و عفیف این دیار را از یاد نخواهند برد و آنان را- اگر چه غیرمستقیم و ناخواسته- در گسترش  برخی نابسامانی های اخلاقی در این استان سهیم می دانند.